公积金还款余额不足会二次扣款，因为在还款日当天，公积金系统会有两次扣款失败，分别是上午和下午。除此之外，公积金中心有规定，如果借款人的公积金贷款上一期为正常还款状态，在合同约定还款日次日，给予一次补扣机会，若是扣划再次失败，贷款状态在补扣日当日转为逾期，并自补扣日按最低还款额开始计收罚息。
住房公积金还款怎么还1、一次性还款法
申请人从住房公积金账户中提取公积金余额，一次性偿还贷款。如果贷款没有偿还清，就对剩余贷款本金本息和还款期限重新进行计算，然后在确定以后每月偿还还款金额。
2、停止还贷若干月
提取住房公积金余额，偿还贷款，贷款人可向银行申请停止还贷若干月，这种方式在生活中是比较常用的还款方式之一。
3、逐月还款
申请人每月直接提前住房公积金还贷，如住房公积金金额不足的时候，贷款人可及时补足还款金额。
住房公积金还款逾期怎么办1、借款人在合同约定的时间内逾期，申请人电话查询下一还款日至少应偿还的贷款金额，借款人若按此金额在下一还款日还款，则贷款不再逾期。借款人再通过呼叫中心电话委托系统调整还款额度或到贷款业务部门签定《借款人调整月还款额通知书》确定下一还款日的还款额。
2、借款人在非合同约定时间偿还逾期贷款，需申请人持个人身份证到贷款银行办理相关手续即可。借款人先向贷款部门提出申请，约定一个还款日，约定还款日范围内，借款人到管理部门办理还款手续。申请人办理贷款偿还手续需填写《偿还逾期个人住房担保委托贷款承诺书》。
3、住房公积金还款逾期罚息金额=用逾期的本息×罚息的利率(贷款的年利率÷360天×150%)×逾期的天数。
